En nuestra cronología, Simón Bolívar y José de San Martín se reúnen en Guayaquil el 26 de julio de 1822. No se conoce lo que sucedió en esa reunión pero al final de la misma San Martín regresa desilusionado a Lima donde renuncia como protector del Perú y parte luego a Francia para el exilio.
En reunión sostenida con Simón Bolívar en Guayaquil, el 26 de julio de 1822, San Martín logra convencer a Bolívar de que con su apoyo en Chile y las Provincias Unidas del Río de la Plata puede impulsarse la idea de una Hispano-América unida, sin embargo se acuerda que San Martín dará vía libre a Bolívar en los Andes peruanos y en el Alto Perú.
San Martín regresa a Lima donde renuncia a su cargo de protector y regresa a Buenos Aires, donde intenta convencer al presidente Rivaravia de hacer parte de una unión hispanoamericana.
Bolívar reúne un ejercito para cruzar los Andes peruanos y derrotar el último ejército realista en América del Sur. Tras la batalla de Junín, en la que las tropas bolivarianas vencen a los españoles, Bolívar es llamado a regresar a Colombia para reasumir su papel como presidente. En Lima, hace un llamado al congreso de Panamá antes de regresar a Bogotá. El 6 de diciembre de 1824, tropas libertadoras al mando de Antonio José de Sucre, vencen al último ejército realista en Ayacucho.
Tras la capitulación del ejército realista, estos se comprometen a retirarse definitivamente de América del Sur, sin embargo aún quedan tropas españolas dispersas, por lo cual Sucre se dispone a perseguirlas.
Sucre y San Martín se reúnen en Charcas, Alto Perú, donde los habitantes proponen la creación de una nueva nación, independiente de las Provincias Unidas y del Perú y deciden llamarla San Martín.
En Colombia empiezan a hacerse evidentes las divisiones entre los neogranadinos y los venezolanos, destacadas principalmente en el vicepresidente Santander y el comandante de los ejercitos de Venezuela José Antonio Páez. Sumando el desconcierto de los quiteños quienes ven en la decisión de Santander de incluir la Sierra Norte (Popayán o Cauca) como parte del departamento de Nueva Granada, desconociendo los nexos históricos con la audiencia de Quito, una afrenta a su integridad. Se convoca al congreso de Santa Marta, en el cual debe definirse la unión de Colombia.
El Congreso de Santa Marta tiene lugar en enero de 1826, antes del congreso de Panamá. Entre los acuerdos que se llega está el establecer una división territorial diferente, dando mayor autonomía a los departamentos y unificar el mando del ejército.
Se crean así los departamentos de Orinoquía, separado de Venezuela, y Panamá y Popayán, separados de la Nueva Granada. Se establece un régimen parlamentario, por medio del cual, el parlamento bicameral escoge al Presidente, el cual ejerce como jefe de estado y de gobierno, y al vicepresidente, el cual suple al presidente como jefe de gobierno cuando este no pueda cumplir sus obligaciones temporal o permanentemente. Igualmente la cámara alta ratifica los nombramientos de las altas cúpulas militares.
Bolívar es ratificado como presidente y Santander como vicepresidente. Páez es nombrado comandante de las Fuerzas Militares, Sucre es escogido como comandante de la infantería, Córdoba como comandante de la caballería y ¿? Como comandante de la armada.
En Junio se reúne el congreso de Panamá con delegados de México, Centroamérica, Colombia, Perú, San Martín y Provincias Unidas y con observadores de Gran Bretaña y Estados Unidos. Se ratifican los tratados de alianzas y defensa mutua y se propone la liberación de Cuba y Puerto Rico de manos españolas y de Santo Domingo, de manos haitianas. Colombia y México son los únicos países que se muestran interesados en aventurarse en el Caribe, aunque Colombia deja en claro que, dada su gratitud con Haití, el caso de Santo Domingo quedaría pospuesto indefinidamente.
En 1828, México y Colombia se aventuran a la liberación de Cuba y Puerto Rico, sin embargo las armadas de Estados Unidos y España bloquean los esfuerzos colombo-mexicanos y las pocas tropas que logran desembarcar son pronto derrotadas. Poco después de esta fallida aventura, España hace su último intento por retomar los territorios perdidos en el continente americano y envía una expedición para reconquistar a México. Los mexicanos derrotan a los españoles, sin embargo el héroe mexicano Antonio López de Santa Anna, queda lisiado en la batalla.
Por otro lado, Perú invade al sur con el objetivo de anexarse a Guayaquil. Bolívar pronto envía a Sucre y a Juan José Flórez a repeler la invasión, a la vez que se desplaza a Quito. La invasión es finalmente contenida en tierra pero el bloqueo a Guayaquil determinó que en la negociación parte de los territorios del sur fueran cedidos a Perú a cambio del importante puerto.
Tras el fracaso en las Antillas y la guerra contra el Perú, se establece un plan de modernización de Colombia el cual debe atacar tres puntos cruciales: mantener unida a la república, asegurar su existencia y tener la capacidad de defender sus intereses. Esto se ve reflejado en la construcción de caminos y una modernización de la armada y de los ejércitos de tierra.
En abril de 1830, debido a problemas de salud, Bolívar renuncia a la presidencia. El parlamento acepta la renuncia y elige a Francisco de Paula Santander como presidente y a Antonio José de Sucre como vicepresidente. El periodo presidencial de 6 años empieza a contarse.
Bolívar es nombrado embajador de Colombia ante Gran Bretaña donde tiene dos principales tareas: lograr que España reconozca a Colombia como nación independiente y promover la ayuda de Gran Bretaña a Colombia.
En 1833, el nuevo gobierno español, reconoce la independencia de Colombia y de las otras naciones hispanoamericanas.
En abril de 1836, el congreso elige a Sucre como presidente y a José María Obando como vicepresidente. Desde un principio las relaciones entre Sucre y Obando son tensas.
En 1838, Sucre decide apoyar los movimientos separatistas de Cuba y Puerto Rico, tras llegar a un acuerdo con Gran Bretaña y Estados Unidos, el cual incluía privilegios comerciales en las islas liberadas y en el continente a cambio del entorpecimiento a las acciones españolas. Un ejercito, de 10000 hombres y 600 caballos, es embarcado. 4000 hombres desembarcan en Puerto Rico y 6000 en Cuba, donde se reúnen con los grupos independentistas. La marina colombiana a su vez toma posiciones para bombardear las fortificaciones realistas. Los refuerzos españoles no llegan, parte por la guerra civil carlista que libra en casa y parte por el bloqueo británico y estadinense. Finalmente Santiago es tomada en enero de 1839, San Juan en febrero y La Habana en abril. La independencia de Puerto Rico y Cuba es proclamada y los ejércitos colombianos se retiran en su mayor parte. La armada permanece sin embargo patrullando.
En el armisticio entre España y Colombia, en el cual Gran Bretaña sirve de arbitro, España reconoce la independencia de Puerto Rico y de Cuba, naciones que quedan bajo la protección de Colombia.
En octubre de 1839, Simón Bolívar muere en Londres.
En mayo de 1840, un grupo de terratenientes caucanos y neogranadinos, liderados por el vicepresidente Obando, se declaran en rebeldía contra el gobierno de Sucre y sus políticas, incluyendo el expansionismo, los acuerdos comerciales con Gran Bretaña y los visos reformistas. Algunos regimientos del ejercito y milicias privadas componen las fuerzas de Obando pero Páez, manteniendo el control de la mayor parte del ejército, fácilmente logra contener la rebelión. Obando es depuesto y el parlamento escoge a Vicente Rocafuentes como nuevo vicepresidente.
En septiembre, el gobernador de Panamá declara la independencia de Colombia, pero un bloqueo en las costas caribeñas y pacíficas logran la renuncia del gobernador y la lealtad del nuevo gobierno regional.
En agosto de 1841 se aprueba una división territorial y las provincias de Nueva Granada son elevadas a la categoría de departamentos así: Magdalena y Cartagena en el norte, Boyacá y Cundinamarca en el oriente y Tolima en el occidente. Panamá es igualmente dividida en Chiriquí y Darién; Venezuela en Venezuela y Zulia; Orinoquía se divide en Bolívar y Apure y el Sur en Guayaquil y La Sierra. Igualmente se reforma la cámara alta y bajando el número de senadores de tres a dos.
En 1842, el nuevo parlamento elige al gobernador del Sur Juan José Flórez como presidente y a Tomás Cipriano de Mosquera como vicepresidente. Una vez Flórez se posesiona en Bogotá grupo de la aristocracia quiteña se rebela con la intención de escindirse de Colombia y formar la república de Quito con las provincias históricas. Sin embargo la falta de apoyo de sus coterráneos y de la gente de Guayaquil y Popayán, así como la oportuna intervención del ejercito Colombiano sofocan la rebelión. Después de la rebelión, la Sierra se divide en los departamentos de Quito y Cuenca.
Los movimientos separatistas de Santo Domingo finalmente empiezan a rendir sus frutos y en 1843 declaran su independencia de Haití, para lo cual han solicitado al gobierno de Colombia su protección. Colombia rápidamente envía un contingente de 600 hombres y varias embarcaciones para ayudar a expulsar a los Haitianos de Santo Domingo. Colombia ofrece a sus protectorados en Puerto Rico, Cuba y Santo Domingo la anexión voluntaria a la República de Colombia a cambio de fortalecer las inversiones en las islas. Esta oferta es aceptada en 1845 por Puerto Rico y Cuba, sin embargo los Estados Unidos se oponen al sentir que Colombia se está convirtiendo en un poder regional en el Caribe. La armada estadounidense bloquea a Cuba hasta que Cuba desiste de la anexión. Puerto Rico es sin embargo admitido como un nuevo departamento, mientras que Santo Domingo mantiene su estado de protectorado.
En 1848 es elegido Rocafuentes como presidente de Colombia y José Hilario López es elegido vicepresidente. El estado de salud de Rocafuentes es precario y en febrero de 1849 muere. López asume como presidente y José Tadeo Monagas es elegido como su vicepresidente. López y Monagas inician una serie de reformas que incluyen una mayor autonomía a los departamentos, la abolición de la esclavitud en 1851 y la eliminación definitiva de las encomiendas.
Varias de estas reformas producen levantamientos en la población, sin embargo el ejército permanece leal al gobierno y rápidamente los levantamientos son controlados. El mayor movimiento antiesclavista sucede en Puerto Rico, sin embargo la gran población mercantilista y artesana apoya al gobierno Colombiano contra las élites de terratenientes.
La administración de López también inicia la construcción del ferrocarril de Panamá en 1850, el cual terminará de construirse en 1854.
En abril del 54, Monagas es elegido presidente y Mosquera vuelva a asumir como vicepresidente. Antes de la posesión una rebelión de artesanos liderada por Melo se alza y toma varias ciudades, incluida Bogotá. Melo, quien era general del ejército tiene a varias tropas bajo su mando, además de las milicias de artesanos y logra el poder de facto y se auto-proclama presidente. Melo intenta imponer una serie de medidas proteccionistas además de proponer una redistribución de la tierra. En junio el grueso del ejército jura lealtad al gobierno de Melo y el parlamento ratifica su posición, bajo presión.